O projeto Aids e Igrejas começou em 1996, após uma consulta sobre o tema proposta por KOINONIA e Conselho Nacional de Igrejas Cristãs (CONIC) para igrejas de todo o Brasil. Em resposta e diante da evolução da pandemia de HIV/Aids no Brasil, as igrejas decidiram apoiar a realização de um projeto que as ajudasse a lidar com o desafio da Aids.
A iniciativa foi motivada a partir da percepção dos religiosos sobre a freqüente busca de acolhida e apoio nas igrejas por parte daqueles que vivem e convivem com o HIV. Desta forma, viu-se a necessidade de as comunidades religiosas estarem preparadas para se tornam espaços de ações de prevenção, acolhimento e estímulo à adesão ao tratamento.