KOINONIA é uma organização ecumênica, fundada em 1994, por ex-participantes do Centro Ecumênico de Documentação e Informação (Cedi), instituição que funcionou entre os anos 1974 e 1994. A criação da nova entidade teve como marco sua Assembleia de Associados, composta militantes históricos da luta pela democracia e afirmação dos valores do Movimento Ecumênico no Brasil. O objetivo da nova organização, em continuidade com a tradição ecumênica, foi inicialmente prestar serviços às comunidades religiosas, ao movimento social e às igrejas.
Os primeiros anos de existência foram dedicados ao estabelecimento da instituição, implementação de projetos inovadores e desenvolvimento de novas metodologias de trabalho junto aos seus públicos de interesse. Ainda no fim da década de 1990, KOINONIA se consolida e já assume papel de destaque entre as organizações ecumênicas do Brasil, fortalecendo suas intervenções nos campos da promoção de direitos e justiça socioambientais, formação de educadores populares, busca de condições de vida dignas para populações histórica e culturalmente vulneráveis, ação emergencial diante de reveses climáticos, bem como na reflexão teológica e na comunicação alternativa.
No início dos anos 2000, KOINONIA buscou aperfeiçoar o seu desenvolvimento institucional. Para isso, as estratégias principais foram duas e complementares: no campo social, se dedicou ao aumento dos serviços prestados aos setores populares e à ampliação das alianças institucionais e com os movimentos sociais; especificamente no campo ecumênico, buscou visibilizar a contribuição ecumênica (nacional e internacional) à sociedade brasileira.
Desde então temos realizado ações educativas e de promoção de direitos humanos de populações vulnerabilizadas no Rio de Janeiro, São Paulo e Bahia. Também trabalhamos junto a comunidades negras tradicionais urbanas e rurais, camponeses da pequena agricultura familiar, juventudes urbanas e rurais, e grupos religiosos e eclesiais.
Essas ações educativas, em especial, com jovens, mais recentemente têm identificado meios para a superação de violações de direitos e das intolerâncias. Neste sentido, destaca-se o trabalho de estímulo a interações entre as comunidades religiosas jovens do Candomblé, da Bahia, e comunidades religiosas cristãs, em todo Brasil, em especial por meio de Jornadas Ecumênicas.
Com a entrada na década de 2010, temos consolidado linhas de ação estratégicas em diálogo com nossas metas como a produção de conhecimento na área da ciência da religião; a articulação política no âmbito do Fórum ecumênico do Brasil, Religiões por Direitos e da presença ecumênica nos Fóruns Sociais Mundiais; Realização de campanhas nacionais de defesa de direitos; e reconstrução da memória do movimento ecumênico na luta pela democracia durante a ditadura civil-militar no Brasil.