O fenômeno da intolerância religiosa tem se desdobrado em inúmeras formas de rejeição à diferença, seja ela sexual, racial ou cultural. Com atenção a essa complexidade, “Ecumenismo, Superação da Intolerância Religiosa e Justiça de Gênero” se constitui num eixo de trabalho norteador de cada prática de KOINONIA, tanto em seus vários campos e territórios geográficos de atuação, quanto no que se refere à diversidade das populações com as quais tem caminhado.
Nesse sentido, as ações voltadas para a defesa e expansão de direitos de comunidades tradicionais (terreiros de Candomblé e quilombos); mulheres; e lésbicas, gays, Bissexuais, Travestis e Transexuais (LGBTTs), passam simultânea e necessariamente pela afirmação da importância do diálogo e da liberdade religiosa. Passam ainda por uma visão do ecumenismo apoiada em três dimensões centrais: o empenho pela aproximação e colaboração entre os cristãos; a aliança solidária com os que promovem a justiça, a paz e a defesa dos bens comuns; e o inadiável e necessário diálogo igualitário entre as diferentes tradições religiosas.
Além de orientar o conjunto de atividades institucionais, este eixo de trabalho abriga iniciativas voltadas exclusivamente ao enfrentamento da intolerância e promoção do diálogo inter-religioso, que dedicam-se à produção de dados, difusão de informação e conhecimento; incidência pública; participação e controle social; e estímulo ao debate de temas e questões implicados na construção de uma sociedade mais justa e fraterna.
PROJETOS E INICIATIVAS
Ações de Incidência Pública | KOINONIA atua nacional e internacionalmente, articulando-se com outras instituições e movimentos, a fim de produzir mudanças políticas e sociais que se traduzam na garantia e expansão dos direitos de grupos histórica e culturalmente vulneráveis.
Memórias Ecumênicas Protestantes no Brasil 
| Dedica-se a registrar, organizar e tornar pública a memória da participação protestante na luta pela democracia durante o período da Ditadura Civil-Militar, por meio da criação de um Acervo Digital Multimídia.